Производственную структуру ЦГХК составили пять рудоуправлений (1 – 1956 г., 2 – 1959 г., 3 – 1963 г., 4 – 1964 г., 5 – 1978 г., ремонтно-механический завод (1966), гидрометаллургический завод (1968), химический завод (1970), завод горного оборудования (1989), управление железнодорожного транспорта, теплоэлектроцентраль, объединенная энергослужба, геологическая служба, Центральная научно-исследовательская лаборатория, строительная база (РСУ, СМУ). Помимо производственных подразделений ЦГХК имел несколько служб: метрологическую, технического контроля, радиационной и токсической безопасности, объектовую противопожарную аварийно-спасательную, службу охраны и другие подразделения.